בקצרה- כן.
באריכות- ישנה חשיבות לחשיפת הבירה לאור.
חשיפה לאור השמש עושה לבירה רע, זאת צריכה להיות נקודת המוצא של הדיון על צבע הבקבוק.

הנה ציטוט ממקור יודע דבר על חשיבותו של צבע הבקבוק:

Hops contain bitter molecules called isohumulones, and any type of light—whether natural or artificial—causes these molecules to produce free radicals. In turn, the free radicals react with a sulfur compound in beer to produce a compound called MBT, which is a component of skunk spray. It takes very little MBT to produce a skunky off-flavor in beer:

כלומר, חשיפה לאור ושמש, מתחילה תהליך כימי שבסופו, לבירה יש ריח מבואש.
לכן, מומלץ להשתמש בבקבוקים כהים לבקבוק.
בירה ביתית או מסחרית שאינה מסוננת ומפוסטרת, ומבושלת בעזרת כשות אמיתי (ולא תמציות מרוכזות של כשות) מכילה תרכובות אורגניות אשר משנות את תכונותיהן בחשיפה לקרינת אור באורכי גל מסויימים.
חשיפה זו לאור גורמת ליצירת מבנה חדש של המולקולה בעל ניחוח וטעם לוואי שניתן לתאר אותו באופן הטוב ביותר כשירותי פלסטיק ניידים בפסטיבל או חיתול הזקוק להחלפה (לקריאה נוספת).
זה כמובן מצב הקיצון, אך התרכובת עלולה להיווצר ולהיות בעלת השפעה מורגשת גם בנפחים קטנים וגם בחשיפה קצרה לאור ישיר.
ביקבוק בירה ביתית בבקבוק זכוכית חום הוא כנראה הפתרון הנוח, הזמין ובין הטובים שתוכלו לבחור בו (אלא אם כן אתם מחבתים, ואז, בסוגיה זו של חשיפה לקרינה אין לכם סיבה לדאגה).
גם בביקבוק בבקבוקים חומים כדאי לאכסן את הבקבוקים באיזור קריר וללא חשיפה לאור.
ביקבוק בבקבוקים ירוקים לא מסנן את אורכי הגל הבעיתיים ולמעשה לא מהווה פיתרון אידיאלי לבעיה.
אם כך-ביקבוק בבקבוקים שקופים הוא לא אופציה שעליכם לשקול בכלל אלא אם כן הבירה הולכת להישמר בארגז ולעבור הישר למקרר ולמזיגה.

אז למה בכל זאת יש בקבוקים בצבעים האלה? ממספר סיבות, ובהן סינון ברמה כמעט מולקולרית של בירה מסחרית, שימוש במיצויי כשות, או התעלמות מוחלטת של בעלי המותג מהסוגיה.